#1 29-10-2009 15:57:54

frederic abussan
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[Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

http://meilerlab.org/web/images/logo-gold-200.bmp



URL de Computational Structural Biology Projects:  https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/

Projet américain basé à l'Université de Vanderbilt, à Nashville dans le Tennessee.

Plus d'infos sur la page de Jens Meiler: http://structbio.vanderbilt.edu/faculty/meiler.php

Ouverture de comptes ouvert avec confirmations par mail

Il y a pour l'instant que des applis Windows, mais qu'ils développent pour Linux et pour appli GPU opencl


Objectifs de recherche

Biologie structurale et chimique @ l'Université Vanderbilt

Objectifs de recherche

Les recherches dans notre laboratoire cherchent à fusionner les efforts de calcul et expérimentations pour étudier les protéines, les molécules fondamentales de la biologie, et leurs interactions avec les substrats de petites molécules, de la thérapeutique, ou des sondes. Nous développons des méthodes de calcul avec trois grandes ambitions à l'esprit:

1) pour permettre l'élucidation de la structure protéique des protéines membranaires, la principale cible de la plupart des produits thérapeutiques et de grands complexes macromoléculaires tels que les virus,
2) la conception des protéines avec une structure nouvelle et/ou la fonction d'explorer de nouvelles approches de protéines thérapeutiques et d'approfondir notre compréhension des voies de repliement des protéines,
3) comprendre la relation entre la structure chimique et l'activité biologique quantitativement, afin de concevoir des médicaments plus efficaces et plus spécifiques. Un point crucial pour notre réussite est la validation expérimentale de nos approches de calcul que nous poursuivons dans notre laboratoire ou en collaboration avec d'autres scientifiques.

Les applications de recherche actuelles se concentrent sur de nouvelles approches pour

a) le développement de médicaments et de sondes pour les troubles neurodégénératifs et les maladies incluant la schizophrénie, la maladie d'Alzheimer et de Parkinson,
b) comprendre les déterminants structurels de l'antidépresseur se liant à des transporteurs de neurotransmetteurs,
c) une arythmie cardiaque causée par l'interaction complexe de la réglementation des canaux potassiques et les interactions médicamenteuses,
d) la résistance multimédicaments dans le cancer et les cellules bactériennes en relation à des protéines de transport multimédicaments,
e) les bases structurelles des infections virales et l'activité des anticorps.


Cliquez sur les images pour plus d'infos...

http://img.lbzh.fr/images/captureaga.png

http://img.lbzh.fr/images/capture2jdj.png




Url du projet : https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/index.php


[center]Centre pour la biologie structurale
465 South 21st Ave
BioSci / MRBIII
Université Vanderbilt, Nashville, TN


http://statseb.boinc-af.org/signature.py?cpid=95f64d953ce337ccb7cb9b36f03d3250

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#2 13-10-2010 16:38:58

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Il y a enfin du taf sur ce projet ... Mais le soucis c'est la date de renvoie... demain... j'en ai reçu 300... apparemment cette appli n'a pas de point de sauvegarde et cela fait bugé un boinc manager

Il faudrait mettre ce qui suit dans le premier post... dsl c'est en anglais

https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/

Research in our laboratory seeks to fuse computational and experimental efforts to investigate proteins, the fundamental molecules of biology, and their interactions with small molecule substrates, therapeutics, or probes. We develop computational methods with three major ambitions in mind:

1) to enable protein structure elucidation of membrane proteins the primary target of most therapeutics and large macromolecular complexes such as viruses;
2) design proteins with novel structure and/or function to explore novel approaches to protein therapeutics and deepen our understanding of protein folding pathways,
and 3) understand the relation between chemical structure and biological activity quantitatively in order to design more efficient and more specific drugs. Crucial for our success is the experimental validation of our computational approaches which we pursue in our laboratory or in collaboration with other scientists.

Current research applications focus on new approaches to

a) drug and probe development for neurodegenerative disorders and diseases including Schizophrenia, Alzheimer's, and Parkinson’s,
b) understanding the structural determinants of antidepressant binding to neurotransmitter transporters,
c) cardiac arrhythmia as caused by the complex interplay of potassium channel regulation and drug interactions,
d) multidrug resistance in cancer and bacterial cells related to multidrug transporter proteins, and
e) structural basis of viral infections and antibody activity.

Center for Structural Biology
465 21st Ave South
BIOSCI/MRBIII
Vanderbilt University,Nashville,TN
map or aerial view

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http://goo.gl/pY0Zp * PRPNet (PSA): 3 716 000 + 47 primes

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#3 13-10-2010 17:54:26

Viny
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

1er lien non valide !  -> est ce que celui de poly correspond ?

Je veux bien mais seulement si c'est du français ... car la j'essaye même pas de lire tongue

Pour les images, je les pris en direct du site, j'ai pas eu le courage de les réduire.


++
Viny
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#4 13-10-2010 18:56:47

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Oui mon lien est le bon.

Tiens en français par pascal94

Biologie structurale et chimique @ l'Université Vanderbilt

Objectifs de recherche

Les recherches dans notre laboratoire cherchent à fusionner les efforts de calcul et expérimentations pour étudier les protéines, les molécules fondamentales de la biologie, et leurs interactions avec les substrats de petites molécules, de la thérapeutique, ou des sondes. Nous développons des méthodes de calcul avec trois grandes ambitions à l'esprit:

1) pour permettre l'élucidation de la structure protéique des protéines membranaires, la principale cible de la plupart des produits thérapeutiques et de grands complexes macromoléculaires tels que les virus,
2) la conception des protéines avec une structure nouvelle et/ou la fonction d'explorer de nouvelles approches de protéines thérapeutiques et d'approfondir notre compréhension des voies de repliement des protéines,
3) comprendre la relation entre la structure chimique et l'activité biologique quantitativement, afin de concevoir des médicaments plus efficaces et plus spécifiques. Un point crucial pour notre réussite est la validation expérimentale de nos approches de calcul que nous poursuivons dans notre laboratoire ou en collaboration avec d'autres scientifiques.

Les applications de recherche actuelles se concentrent sur de nouvelles approches pour

a) le développement de médicaments et de sondes pour les troubles neurodégénératifs et les maladies incluant la schizophrénie, la maladie d'Alzheimer et de Parkinson,
b) comprendre les déterminants structurels de l'antidépresseur se liant à des transporteurs de neurotransmetteurs,
c) une arythmie cardiaque causée par l'interaction complexe de la réglementation des canaux potassiques et les interactions médicamenteuses,
d) la résistance multimédicaments dans le cancer et les cellules bactériennes en relation à des protéines de transport multimédicaments,
e) les bases structurelles des infections virales et l'activité des anticorps.

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#5 13-10-2010 23:14:34

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Je suis premier de l'EDLS et de l'AF sur ce projet.... eusadanceeusadanceeusadance


http://goo.gl/pY0Zp * PRPNet (PSA): 3 716 000 + 47 primes

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#6 13-10-2010 23:36:02

Damien
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Polynesia a écrit:

Je suis premier de l'EDLS et de l'AF sur ce projet.... eusadanceeusadanceeusadance

Bravo wavey


http://statseb.boinc-af.org/signature.py?cpid=e0e2727fa560e6a5151e797a0600ee64

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#7 13-10-2010 23:52:05

Viny
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Faut durer maintenant !


++
Viny
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#8 14-10-2010 05:21:18

frederic abussan
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

pkeupaing.gif


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#9 14-10-2010 06:50:03

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

dommage je viens d'être dépassé mais il a plus de core que moi sur le projet ou il est H24...


http://goo.gl/pY0Zp * PRPNet (PSA): 3 716 000 + 47 primes

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#10 14-10-2010 07:21:49

tibidao
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Merci pour l'info, pour moi le projet était mort.....  1079

EDIT : j'ai soulevé un problème sur le forum AF, en fait le projet avait à la base été identifié sous le nom CSBP ou CSB, et l'adresse mail était :
http://boinc.vanderbilt.edu/CSB/

Sebastien, ne trouvant pas de topic (normal, BCL n'était pas dans l'intitulé) en a créé un autre, générant de ce fait un doublon. à sa décharge, rien ne le rapprochait à première vue. Faut juste faire le lien quand on connait. Le lien est définitivement :
https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/

Pourquoi en https d'ailleurs ? emotion_56

Dernière modification par tibidao (14-10-2010 07:56:10)


http://statseb.fr/signature.py?cpid=6077c10f49432aafd06c2d68a5156623

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#11 14-10-2010 09:19:37

Damien
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Heureusement que les WU ne sont pas longues car après reboot du PC les WU non achevées repartent à zéro.


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#12 14-10-2010 11:37:40

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

tibidao a écrit:

Merci pour l'info, pour moi le projet était mort.....  1079

EDIT : j'ai soulevé un problème sur le forum AF, en fait le projet avait à la base été identifié sous le nom CSBP ou CSB, et l'adresse mail était :
http://boinc.vanderbilt.edu/CSB/

Sebastien, ne trouvant pas de topic (normal, BCL n'était pas dans l'intitulé) en a créé un autre, générant de ce fait un doublon. à sa décharge, rien ne le rapprochait à première vue. Faut juste faire le lien quand on connait. Le lien est définitivement :
https://boinc.vanderbilt.edu/bcl/

Pourquoi en https d'ailleurs ? emotion_56

https car il sécurise, normal ce sont des gens sérieux : http://www.vanderbilt.edu/, http://www.mc.vanderbilt.edu/


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#13 14-10-2010 14:39:52

frederic abussan
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Y a la modif mais point de taf sad

EDIT > J'avais pas validé le mail happy_38


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#14 14-10-2010 15:20:48

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

il en reste 192 sur les 13 000 de ce matin...


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#15 14-10-2010 15:22:38

frederic abussan
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Laissez les moi lol big_smile


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#16 14-10-2010 15:23:56

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Dépêche-toi... Moi cela risque pas, car avec les tonnes de wus qu'il ma refilé hier je ne sais même pas si je vais pouvoir les finirent avant la dead line...


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#17 14-10-2010 21:01:00

Polynesia
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Re: [Biomédical] BioChemical Library (BCL) (ancien CBSP)

Nouvelle appli bio chemical library beta 2.54...


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