#1 27-12-2009 21:28:06

Viny
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RNA World (beta)

http://www.rnaworld.de/rnaworld//img/rna4.png       http://www.rnaworld.de/rnaworld//img/rkn.png


EN COURS DE REALISATION


http://www.rnaworld.de/rnaworld/

Ouvrir un compte : http://www.rnaworld.de/rnaworld/home.php    UNIQUEMENT SUR INVITATION ACTUELLEMENT

Statut des serveurs : http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php



Qu'est-ce que l'ARN ?

L'Acide ribonucléique ou ARN est un polymère linéaire constitué d'un enchaînement de nucléotides. Chaque nucléotide contient un groupement phosphate, un sucre, le ribose et une base azotée. Les nucléotides sont liés les uns aux autres par des liaisons phosphodiester. On trouve quatre bases azotées dans l'ARN, l'adénine, la guanine, la cytosine et l'uracile. L'ARN a de nombreuses similarités avec l'ADN, avec cependant quelques différences importantes : sur le plan de la structure, l'ARN contient un ribose à la place du désoxyribose de l'ADN, ce qui rend l'ARN chimiquement plus instable et la thymine de l'ADN y est remplacée par l'uracile, qui possède les mêmes propriétés d'appariement de base avec l'adénine. Sur le plan fonctionnel, l'ARN est le plus souvent trouvé dans les cellules sous forme de simple brin, tandis que l'ADN est présent sous forme de deux brins complémentaires, formant une double hélice. Enfin les molécules d'ARN trouvées dans les cellules sont plus courtes (de quelques dizaines à quelques milliers de nucléotides) que l'ADN du génome (de quelques millions à quelques milliards de nucléotides).
(source WIKIPEDIA)

Structure 3D d'un ARN régulateur :
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/22/SAM_riboswitch.png/300px-SAM_riboswitch.png


Le projet :
Il est dédié à identifier, analyser, prédire la structure et la conception des molécules d'ARN sur la base des logiciels de bioinformatique.

http://images4.hiboox.com/images/4210/83a225f768c870c7b38975a3fb7f242e.jpg


++
Viny
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#2 27-12-2009 21:53:37

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

A rechercher sur Yoyo smile


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#3 10-02-2010 16:40:11

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

Inscriptions ouvertes cochez les wu ( Test ) eusadance


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#4 11-02-2010 10:31:44

frederic abussan
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#5 11-02-2010 11:38:59

pas93
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Re: RNA World (beta)

Purée, déjà premier ? big_smile

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#6 11-02-2010 14:56:44

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

UOTD en plus  grenouille_027


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#7 11-02-2010 20:51:44

Viny
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Re: RNA World (beta)

Tu es le seul à calculer dessus ???


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#8 11-02-2010 22:54:16

Domi
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Re: RNA World (beta)

faut croire que oui!

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#9 12-02-2010 06:13:41

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

Mince ca a tourné à vide toute la nuit, plus d'ut emotion_56 Et les autres projets suspendus embarasse


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#10 13-02-2010 08:38:18

GuL
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Re: RNA World (beta)

pas de pot !

Dernière modification par GuL (13-02-2010 08:38:33)

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#11 14-02-2010 01:36:56

pas93
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Re: RNA World (beta)

J'ai bien envie de tester, sinon, j'ai pas trop suivit ... Mais, il y a des projets sur GPU en biomédical ? big_smile

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#12 26-06-2010 07:15:45

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

News cool

Le dogme de la biologie vient d’être remis en question par un groupe de généticiens. Les pseudogènes, reliquats du passé, ne seraient pas aussi désuets que ce que l’on a cru jusqu’à présent. Ils pourraient même avoir un rôle dans le développement de certains cancers.
Le séquençage du génome humain, qui fête d’ailleurs ses 10 ans cette semaine, aura au moins permis aux scientifiques de réaliser qu’il est bien plus compliqué à décrypter que prévu. Il y a une décennie, les généticiens considéraient que seuls 3% du génome étaient codants, soit tout de même environ 25.000 gènes destinés à être traduits en protéines. Le reste, disait-on, ne serait que des vestiges des gènes ancestraux ou même des séquences muettes, soi-disant voués à diluer les potentielles mutations acquises par le génome au cours de l'évolution. Pourtant, de plus en plus, les chercheurs découvrent que les zones non codantes sont aussi d’une importance capitale : leur rôle serait de réguler l’expression des « vrais gènes ».
Des chercheurs en génétique et cancérologie du Beth Israel Deaconess Medical Center à Boston et du Harvard Medical School ont mis au jour un mécanisme épigénétique qui bouleverse le dogme de la biologie qui stipule que l’ADN est transcrit en ARN, lui-même traduit en protéines. Le journal Nature a publié leurs travaux, démontrant que l'ARN aurait en effet bien plus qu'un rôle de messager.
Pour comprendre la suite, revenons au mécanisme du gene silencing. De petits ARN (miRNA), d’une vingtaine de nucléotides, codés par le génome ont pour cibles les ARN messagers possédant la séquence complémentaire, pour les dégrader ou en inhiber l’expression. Ce mécanisme est un des processus permettant de réguler, de manière négative, la production d’une protéine. La régulation positive est-elle aussi possible ?

Bon loupé le schéma, désolé roll


Schéma montrant le mécanisme de la régulation par les pseudogènes. A gauche, l'ARN du pseudogène PTENP1 séquestre les différents miRNA, qui ne pourront plus dégrader l'ARN messager du gène fonctionnel PTEN. A droite, les différentes séquences des miRNA impliqués, et leur complémentarité avec PTENP1 et PTEN. © Nature
Les ceRNA, nouveaux régulateurs du génome
Les chercheurs ont montré que c’est effectivement le cas et que le mécanisme inclut l’action de pseudogènes. Les pseudogènes font partie de ces sections non codantes et on les considère comme des reliquats d’anciens gènes dont la séquence ressemble aux gènes actuels mais qui ont perdu leur capacité à produire des protéines. Alors que personne ne les pensait actifs, les pseudogènes, sous forme d’ARN, peuvent séquestrer les miRNA grâce à leur séquence suffisamment proche du gène normalement ciblé. L’ARN messager provenant du « vrai gène » est donc protégé et peut être exprimé.
Ce mécanisme a été démontré par l'étude de gènes connus et importants dans la mise en place des cancers. Le gène PTEN, suppresseur de tumeur, possède un homologue au sein du génome : le pseudogène PTENP1. Son rôle de séquestration des miRNA normalement dirigés contre PTEN donne aussi à PTENP1 un rôle de suppresseur de tumeur. Ceci est aussi vrai pour les oncogènes qui eux favorisent les tumeurs : par exemple, le pseudogène KRAS1P favorise l'action oncogène de KRAS.
Ainsi, ces pseudogènes entrent en compétition avec les gènes fonctionnels pour l'interaction avec les miRNA : les chercheurs les ont surnommés competitive endogenous RNA ou ceRNA. Si ces pseudogènes sont capables de réguler l'expression du génome, c’est toute la biologie qu’il faut repenser !
Il existe 17.000 pseudogènes et au moins 10.000 longs ARN non codants. Tous pourraient avoir un rôle comparable et précis. Il y a donc près de 30.000 nouvelles entités, ayant potentiellement une fonction de ceRNA, qu’il ne faudra pas négliger, notamment dans les recherches vers la compréhension du cancer, mais aussi d’autres maladies.


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#13 26-06-2010 07:53:24

GuL
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Re: RNA World (beta)

Si c'est vrai, c'est très intéressant, mais c'est à prendre avec toutes les précautions, en attendant la contre expertise. Ca ressemble un peu trop à une annonce publicitaire hmm

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#14 26-06-2010 10:22:18

Polynesia
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Re: RNA World (beta)

intéressant mais pas évident à comprendre... pour mes deux neurones


http://goo.gl/pY0Zp * PRPNet (PSA): 3 716 000 + 47 primes

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#15 26-06-2010 11:16:55

Viny
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Re: RNA World (beta)

C'est du calcul en perspective ...


++
Viny
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#16 07-07-2010 09:07:46

frederic abussan
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Re: RNA World (beta)

Je ne vais pas lacher l'affaire meme si cela doit prendre des mois coolcoolcool J'entre en compete avec M...6


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#17 07-07-2010 23:05:49

pas93
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Re: RNA World (beta)

mdr pas mal ^^

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